Historie našeho ústavu je nerozlučně spojena s osobnostmi prof. Františka Patočky a prof. Ctirada Johna. Prof. Patočka byl od roku 1936 přednostou Ústavu pro bakteriologii a sérologii. V roce 1945 převzal prostory bývalé Německé lékařské fakulty a založil Ústav pro lékařskou mikrobiologii a imunologii jako součást Fakulty všeobecného lékařství - nyní 1. Lékařská fakulta. Tento ústav koncipoval jako trojici částečně se překrývajících a vzájemně se doplňujících sektorů školského, klinického a výzkumného. Prof. Patočka byl mikrobiolog, ale jasnozřivě rozpoznal potenciál imunologie, která se v druhé polovině 20. století začala bouřlivě rozvíjet. Pod Patočkovým vedením vznikla v roce 1971 při ústavě jako samostatný útvar výzkumná Laboratoř pro speciální lékařskou mikrobiologii a imunologii. V roce 1971 převzal vedení ústavu po prof. Patočkovi prof. Ctirad John – tehdy ještě docent, profesura mu nebyla v době normalizace z politických důvodů umožněna. Prof. John se stal hlavním představitelem imunologie v našem ústavě. Jeho láska k imunologii byla velmi stimulována jeho pracovním pobytem v Pasteurově ústavu v Paříži. Vzhledem ke svým mikrobiologickým začátkům a vzhledem k soužití mikrobiologie a imunologie v jednom ústavu směroval prof. John výzkumnou práci ke studiu vztahu mikroba a imunitního systému hostitele. Profesor John byl též výborným učitelem, dokázal u studentů vzbudit lásku k imunologii a řada našich imunologů se pokládá za jeho žáky. Byl přednostou ústavu do roku 1986, ale ještě řadu dalších let v ústavu setrval a byl pro nás podporou a povzbuzením. Klinická imunologie se rozvíjela pod vedením doc. Fučíkové zprvu v rámci 1. interní kliniky. Později vzniklo samostatné Oddělení klinické imunologie, které se věnovalo pacientům s imunopatologickými stavy. Nezávisle na něm fungovalo na Fakultní poliklinice i Alergologické oddělení.
V roce 1991 si mohutný rozvoj imunologie a její velký klinický význam vynutily konstituování imunologie jako samostatného oboru na 1. lékařské fakultě. Výuka imunologie byla zpočátku zajišťována Ústavem pro lékařskou mikrobiologii a imunologii. V roce 1994 vznikl spojením Laboratoře pro speciální lékařskou mikrobiologii a imunologii vedené prof. Milanem Márou a Oddělení klinické imunologie Všeobecné fakultní nemocnice vedené prof. Terezií Fučíkovou Ústav klinické imunologie a prof. Fučíková se stala jeho přednostkou. V roce 2001 došlo z organizačních důvodů znovu ke spojení mikrobiologie a imunologie v Ústav imunologie a mikrobiologie (vedený postupně prof. Ivanem Šterzlem a prof. Libuší Kolářovou), který existoval do konce roku 2024 a na začátku roku 2025 se transformoval opět do dvou samostatných ústavů: Ústav lékařské mikrobiologie a Ústav klinické imunologie a alergologie. Prvním přednostou Ústavu klinické imunologie a alergologie se stal prof. RNDr. Jiří Hrdý, PhD.