Výzkumná činnost pracovníků ÚKIA se zaměřuje především na pochopení komplexních interakcí mezi mikrobiotou a imunitním systémem hostitele ve zdraví a nemoci. Speciální pozornost je věnována rané fázi ontogeneze jedince, kdy se vyvíjí jak mikrobiota tak vyzrává imunitní systém a dochází k nastavení vzájemných rovnovážných interakcí mezi mikrobiotou a imunitním systémem. Část výzkumu ÚKIA se věnuje imunomodulačním vlastnostem probiotik a od nich odvozených látek (postbiotik včetně vezikulu) se speciálním zaměřením na možnosti ovlivnění imunitního systému v časném postnatálním období a na podporu/obnovu vzájemné homeostatické interakce mezi mikrobiotou a imunitním systémem. Dále se pracovníci ÚKIA věnují studiu patogeneze alergií a autoimunit. Aplikovaný výzkum vychází z klinické základny ÚKIA (OKIA) včetně spolupráce s dalšími klinikami VFN v Praze a dalšími pracovišti ČR s akcentací na význam mikrobioty a její roli v modulaci imunitních reakcí.
Výzkum ÚKIA se rovněž zaměřuje na antiinfekční imunitu včetně designu a testování vakcín a monoklonálních protilátek či nanoprotilátek proti SARS-CoV-2 s využitím experimentálního zvířecího modelu transgenních myší exprimujících lidský gen pro ACE-2. Dále se výzkum zaměřuje na vývoj vakcíny proti boreliím.
Vědecko-výzkumná práce je zaměřena na sledování vlivu některých farmak na imunologické parametry in vitro event. in vivo a na sledování možností ovlivnění imunitního systému bakteriemi, jejich produkty či složkami se speciálním zaměřením na charakterizaci bakteriálních vezikulů. Jak probiotika tak jejich složky jsou testovány jako možné modulátory střevních zánětlivých onemocnění s využitím širokého spektra in vitro modelů a experimentálních zvířecích modelů kolitid. Pracovníci ústavu se podílejí na řešení grantových projektů jak univerzitních (GAUK, Cooperatio), tak i jiných grantových agentur (AZV ČR, GAČR, TAČR a OP JAK MPO, MSCA).
ÚKIA úzce spolupracuje s Centrem roztroušené sklerózy Neurologické klinicky 1.LF UK na řešení grantů.
Pracovníci ÚKIA jsou členy různých odborných společností:
JH předseda ČMS
JH místopředseda SPP
JH+VČ člen výboru ČIS
JH člen ISEV, CzeSEV,
EAACI, ČSAKI , SMI